Одной из целей Международного договора является справедливое и равноправное распределение выгод, связанных с использованием ГРРПСХ. Выгоды распределяются на многосторонней основе между Договаривающимися Сторонами, а не только с какой-то одной конкретной страной, при этом особое внимание уделяется потребностям развивающихся стран. Это еще одно проявление присущего Международному договору духа сотрудничества, являющегося залогом достижения общих согласованных целей.

Получаемые выгоды в первую очередь должны поступать фермерам из всех стран, особенно из развивающихся, которые обеспечивают сохранение и устойчивое использование генетических ресурсов растений для производства продовольствия и ведения сельского хозяйства.

Международный договор предусматривает различные многосторонние механизмы распределения выгод, как денежных, так и неденежных:

• Облегченный доступ к генетическим ресурсам в рамках Многосторонней системы уже сам по себе является важным преимуществом. Ввиду его серьезного социально‑экономического воздействия и снижения транзакционных издержек по сравнению с согласованными на индивидуальной основе условиями доступа и распределения выгод многие рассматривают такой порядок доступа как предоставление "косвенных денежных выгод". Впечатляющим признаком успеха являются миллионы операций по передаче материала, осуществляемых через Многостороннюю систему.

• Решающую роль в функционировании Многосторонней системы играет обмен огромными объемами информации и знаний о генетических ресурсах растений для производства продовольствия и ведения сельского хозяйства, хранящихся в генных банках и в других хранилищах. Такая информация включает каталоги и инвентарные перечни, сведения о технологиях и результаты технических, научных и социально‑экономических исследований, в том числе описания, оценки и методики использования тех ГРРПСХ, на которые распространяется действие Многосторонней системы. Обмен знаниями и информацией осуществляется с помощью Глобальной информационной системы; пользователям также предлагается обмениваться знаниями и информацией о материалах, к которым они получают доступ через Многостороннюю систему.

• Доступ и передача технологий сохранения, определения характеристик, оценки и использования генетических ресурсов растений, охватываемых Многосторонней системой, выгодны всем Договаривающимся Сторонам. Международный договор предусматривает, в частности, следующие меры:
• учреждение и поддержание работы тематических групп по вопросам использования ГРРПСХ различных сельскохозяйственных культур и участие в таких группах;
• налаживание всех видов партнерства в области научных исследований и разработок и создания совместных коммерческих предприятий, которые связаны с полученными материалами;
• развитие кадрового потенциала; и
• эффективный доступ к исследовательским объектам.

• Мероприятия и программы по наращиванию потенциала как механизм распределения выгод начинаются с определения приоритетов, которые развивающиеся страны включают в свои планы и программы. Договаривающиеся Стороны постановили определить в качестве приоритетных следующие направления деятельности:
• создание и/или поддержка программ научно-технического образования и подготовки кадров в области сохранения и устойчивого использования ГРРПСХ;
• создание и укрепление механизмов сохранения и устойчивого использования ГРРПСХ, особенно в развивающихся странах и в странах с переходной экономикой; и
• проведение научных исследований предпочтительно и по возможности в развивающихся странах и в странах с переходной экономикой в сотрудничестве с профильными учреждениями этих стран и развитие потенциала по проведению таких исследований в тех областях, где они необходимы.

• В соответствии с Международным договором, денежные и иные выгоды от коммерциализации распределяются на многосторонней основе. Получатель зародышевой плазмы обязан выплатить заранее установленную ("справедливую и равноправную") долю выгод от коммерциализации ГРРПСХ
  в Фонд распределения выгод. Фонд распределения выгод является важнейшим компонентом Стратегии финансирования и всей Многосторонней системы. Это оперативный механизм для получения, использования и распределения денежных выгод, возникающих в результате использования МС, и его финансовые ресурсы включают также добровольные взносы.

На практике Договаривающиеся Стороны проявляют большую активность в вопросах распределения выгод, а также в налаживании партнерских связей с заинтересованными сторонами и международными учреждениями. В национальных докладах приведен ряд вдохновляющих примеров, на основании которых Комитет по контролю за соблюдением готовит для каждой сессии Управляющего органа сводные доклады. С непосредственными результатами этой практики на местах можно ознакомиться на веб-странице, посвященной проектному циклу Фонда распределения выгод.