Les droits des agriculteurs sont essentiels pour assurer la conservation et l'utilisation durable des ressources phytogénétiques pour l'alimentation et l'agriculture et, par conséquent, pour assurer la sécurité alimentaire – aujourd'hui et à l'avenir. À l'article 9, le Traité international reconnaît l'énorme contribution que les communautés locales et autochtones et les agriculteurs de toutes les régions du monde – en particulier ceux des centres d'origine et de diversité des plantes cultivées – ont apportée et continueront d'apporter à la conservation et à la mise en valeur des ressources phytogénétiques, qui constituent la base de la production alimentaire et agricole dans le monde entier. Il confie aux gouvernements nationaux la responsabilité de la réalisation des droits des agriculteurs et dresse la liste des mesures qui pourraient être prises pour protéger, promouvoir et réaliser ces droits, notamment :

• La reconnaissance de l'énorme contribution que les communautés locales et autochtones et les agriculteurs de toutes les régions du monde ont apportée et continueront d'apporter à la conservation et à la mise en valeur des ressources phytogénétiques (article 9.1);
•  La protection des connaissances traditionnelles présentant un intérêt pour les ressources phytogénétiques pour l'alimentation et l'agriculture (article 9.2.a);
• Le droit de participer équitablement au partage des avantages découlant de l'utilisation des ressources phytogénétiques pour l'alimentation et l'agriculture (article 9.2.b) ;
• Le droit de participer à la prise de décisions, au niveau national, sur des questions relatives à la conservation et à l'utilisation durable des ressources phytogénétiques pour l'alimentation et l'agriculture (article 9.2.c) ; et
• Le droit qu'ont les agriculteurs de conserver, d'utiliser, d'échanger et de vendre des semences de ferme ou du matériel de multiplication, sous réserve des dispositions de la législation nationale et selon qu'il convient (article 9.3).